L’action du ministère est structurée en trois programmes budgétaires.
Programme 1 – Pilotage, coordination et gestion administrative
Pilotage stratégique du ministère, gestion administrative et financière, suivi-évaluation et gestion du système d'information.
Programme 2 – Développement des productions végétales
Chaînes de valeur des filières, cultures pluviales, maisons du paysan, subvention des engrais, politique semencière, mobilisation des eaux, aménagement des terres et protection phytosanitaire.
Programme 3 – Développement des productions animales
Santé animale, hygiène des denrées d'origine animale, lutte contre les zoonoses, chaînes de valeur animales et sécurisation des parcours pastoraux.